Etwa 1 Jahr nach den Ereignissen im Steineichenwald, verschlägt es Rubin in die Hoenn Region, da sein Vater Norman vor kurzem erst die Prüfung zum Arenaleiter geschafft hat und nun seine Stelle antreten will. Durch ein unglückliches Ereignis in Rubins Vergangenheit, verfolgen Vater und Sohn grundverschiedene Philosophien, was die Aufzucht und den Umgang mit Pokemon angeht, was wiederum die Vater-Sohn-Beziehung ziemlich beeinträchtigt. Die Lage ist so schlimm, das Rubin bereits kurz nach Eintreffen in Wurzelheim von zuhause weg läuft, um seinem Vater zu beweisen, dass sein Weg er richtige ist.
Kurz nach Aufbruch trifft er auf den Ortsansäßigen Pokemon-Professor und dessen Tochter Saphir, die sich gerade auf Feldforschung befinden. Um ihren Vater bestmöglich zu unterstützen, hat sich das Mädchen, einen sehr Tarzan-ähnlichen Lebensstil angeeignet. Durch ihren Lebensstil hat sich Saphir auch eine sehr natürliche Philosophie angeeignet, in der nur die wahre Stärke zählt. Schnell finden die beiden Kids im jeweils anderen einen Rivalen und vereinbaren eine Wette um den jeweils anderen davon zu überzeugen, dass der eigene Weg der einzig wahre ist.
Ihre Vereinbarung sieht vor, dass die beiden innerhalb von 80 Tagen ihr Ziel erreicht haben müssen. Was für Rubin bedeutet, er muss bis dahin alle 20 Wettbewerbe gewonnen haben und Saphir muss die 8 Arena-Orden ihr eigen nennen. Doch bereits kurz nachdem sie Aufbrechen, treffen sie auf die beiden Verbrecherorganisationen Magmar und Aqua, deren erklärtes Ziel es ist, die beiden Urzeitlichen Pokemon zu wecken. Unerwartet werden die beiden in der Ereignisse gesogen, welche die Zukunft der Hoenn-Region ein für alle mal verändern wird.