Etwa 1 Jahr nach den Ereignissen im Steineichenwald, verschlägt es Rubin in die Hoenn Region, da sein Vater Norman vor kurzem erst die Prüfung zum Arenaleiter geschafft hat und nun seine Stelle antreten will. Durch ein unglückliches Ereignis in Rubins Vergangenheit, verfolgen Vater und Sohn grundverschiedene Philosophien, was die Aufzucht und den Umgang mit Pokemon angeht, was wiederum die Vater-Sohn-Beziehung ziemlich beeinträchtigt. Die Lage ist so schlimm, das Rubin bereits kurz nach Eintreffen in Wurzelheim von zuhause weg läuft, um seinem Vater zu beweisen, dass sein Weg er richtige ist.
Kurz nach Aufbruch trifft er auf den Ortsansäßigen Pokemon-Professor und dessen Tochter Saphir, die sich gerade auf Feldforschung befinden. Um ihren Vater bestmöglich zu unterstützen, hat sich das Mädchen, einen sehr Tarzan-ähnlichen Lebensstil angeeignet. Durch ihren Lebensstil hat sich Saphir auch eine sehr natürliche Philosophie angeeignet, in der nur die wahre Stärke zählt. Schnell finden die beiden Kids im jeweils anderen einen Rivalen und vereinbaren eine Wette um den jeweils anderen davon zu überzeugen, dass der eigene Weg der einzig wahre ist.
Ihre Vereinbarung sieht vor, dass die beiden innerhalb von 80 Tagen ihr Ziel erreicht haben müssen. Was für Rubin bedeutet, er muss bis dahin alle 20 Wettbewerbe gewonnen haben und Saphir muss die 8 Arena-Orden ihr eigen nennen. Doch bereits kurz nachdem sie Aufbrechen, treffen sie auf die beiden Verbrecherorganisationen Magmar und Aqua, deren erklärtes Ziel es ist, die beiden Urzeitlichen Pokemon zu wecken. Unerwartet werden die beiden in der Ereignisse gesogen, welche die Zukunft der Hoenn-Region ein für alle mal verändern wird.

Nicht nur im Schönen Alabastia in Kanto tummeln sich die Jungen Trainer und sind bereit im frühen Alter auf Abenteuer Reise zu gehen. Auch in Neuborkia, wo sich der Pokemon-Professor Lind niedergelassen hat, gibt es eifrigen Trainer-Nachwuchs. Darunter auch der sehr selbstbewusste Heißsporn Gold. Der zusammen mit seinem geliebten Griffel und seinem geliebten Queue so manch einen Taschenspielertrick draufhat.

Als er eines Tages zufällig bei Professor Lind zu Besuch ist und mitbekommt wie ein fremder Junge ein Pokemon stiehlt, macht es sich auf den Weg das Verbrechen aufzuklären und den Täter zu finden. Bei diesem Täter handelt es sich um den mysteriösen Silber, der in seiner Kindheit von einem Vogelpokemon verschleppt wurde und jetzt dem Grund für diese Handlung herausfinden will.

Die dritte im Bund ist die talentierte Trainiern Kristall (Kris) die von Professor Eich beauftragt wird, alle Pokemon zu fangen und den Pokedex zu vervollständigen. Da sich im laufe ihres Abenteuers die Wege der 3 immer wieder kreuzen, müssen sie sich schon bald gemeinsam dem großen Bösewicht stellen, der die verbliebenen Team Rocket Truppen unter seinem Mantel vereint hat und danach trachtet nichts geringeres als die Zeit selbst zu fangen…..